Z velkoplošných chráněných území jsou na Východní Moravě zastoupeny chráněné krajinné oblasti a přírodní parky. CHKO Beskydy zahrnuje na svém území oblast Beskyd, Javorníků a Vsetínských vrchů a je vůbec nejrozsáhlejší chráněnou krajinnou oblastí v ČR. Na opak k těm nejmenším patří CHKO Pálava. CHKO Bílé Karpaty je chráněná také jako biosférická rezervace UNESCO, stejně jako Dolní Morava, která zahrnuje území CHKO Pálava a cenných lužních oblastí dolního Podyjí a Pomoraví. V regionu byla vyhlášena řada přírodních parků - Chřiby, Hostýnské vrchy, Záhlinické rybníky, Niva Dyje, Mikulčický luh, Strážnické Pomoraví, Želechovické paseky, Vizovické vrchy.
Systém doplňuje mnoho maloplošných chráněných území – rezervací a památek. K nejcennějším patří národní přírodní rezervace Strabišov-Oulehla, Javořina, Porážky Pulčín-Hradisko, Razula, Makyta-Valašská Kyčera nebo Kněhyně-Čertův mlýn, Děvín, Křivé jezero a národní přírodní památky Chropyňský rybník a Křéby.