Nejsilněji jsou zastoupena místní a regionální muzea mapující historii a tradice nejrůznějších oblastí. K nim patří zejména Slovácké muzeum v Uherském Hradišti, Muzeum Kroměřížska v Kroměříži, Muzeum jihovýchodní Moravy ve Zlíně, Muzeum Luhačovického Zálesí v Luhačovicích a Muzeum regionu Valašsko. Lidovou architekturu a tradice prezentuje řada jednotlivých expozic rozesetých po lidových stavbách celého regionu a také skanzeny: Valašské muzeum v přírodě v Rožnově pod Radhoštěm a Soubor památek lidové architektury v Rymicích či archeoskanzen v Modré u Velehradu.
Na Východní Moravě se nachází také řada unikátně zaměřených muzeí. Do této skupiny patří například Muzeum J. A. Komenského v Uherském Brodě s největší komeniologickou expozicí na světě, Památník Emila Filly na zámku v Chropyni, Památník Maxe Švabinského v Kroměříži,  archeologické expozice ve Starém Městě, Svatohostýnské muzeum, Letecké muzeum v Kunovicích, Obuvnické muzeum ve Zlíně, Národní kulturní památník v Ploštině, Muzeum valašských strašidel ve Valašském Meziříčí a muzejní expozice zaměřené na židovskou kulturu v Holešově.